導讀

合格的RNA樣本是進行很多實驗的前提，RNA質檢有很多種方法，相對來說，瓊脂糖凝膠電泳是一種非常好的RNA質檢方法，既能檢測RNA的完整性和濃度，還能判斷RNA樣本中是否有蛋白和gDNA的汙染情況，而且不需要依賴特殊昂貴的儀器裝置。但是RNA電泳雖然簡單，也有很多注意事項，如果稍有不慎，電泳過程中RNA樣本發生降解，即使合格的樣本也會顯示出不好的質檢結果。

RNA電泳 VS 其它檢測方法

常用的

RNA質檢方法有紫外分光光度計法（Nanodrop）、Qubit法以及瓊脂糖凝膠電泳等方法。其中：

RNA電泳 VS 其它檢測方法

是根據樣本的

A260和A280吸光度來判斷RNA的濃度和純度，但Nanodrop無法判斷RNA的完整性，且Nanodrop無法區分DNA以及降解的RNA，因此Nanodrop檢測結果可能並不準，經常發生虛高。

紫外分光光度計法（Nanodrop）

是利用

RNA結合的熒光染料來檢測RNA的濃度，Qubit試劑能夠區分RNA和DNA，準確性和特異性要好於Nanodrop，但是仍然存在著無法檢測RNA完整性的問題。

紫外分光光度計法（

則透過分析三條

rRNA的條帶，判斷RNA的降解程度、濃度以及DNA和蛋白的汙染情況。瓊脂糖凝膠電泳不需要使用特殊的儀器，實驗門檻更低，結果也更加多維可靠。

Nanodrop）

RNA電泳有變性膠電泳和非變性膠電泳兩種方式。其中

Qubit

是指在配製凝膠時加入甲醛等變性劑，能夠開啟

RNA的二級結構，減少RNA二聚體的含量，能夠精準的檢測RNA的分子量。但是變性膠操作複雜，需要使用到甲醛等有害物質，因此，只有在Northern等實驗中才會用到變性膠電泳。常規的RNA質檢，用

Qubit

即可，非變性膠電泳和普通的瓊脂糖凝膠電泳一樣，用

TAE或者TBE配製的凝膠，能夠滿足RNA基本的質檢分析。

而RNA電泳

RNA的電泳的步驟和所需材料，和普通DNA電泳所需的是一致的，只不過為了保證RNA在電泳過程中不被降解，

而

。如實驗要用到的電泳緩衝液（TAE或者TBE）、核酸染料、瓊脂糖凝膠等試劑，一定要現配現用，且都需要用RNase free的H

2

O來配製（如DEPC處理過的ddH

2

O）。另外，電泳所需要用到的電泳槽、制膠槽、梳子也需要確保沒有RNase汙染，可以先用自來水沖洗乾淨，再用RNase free H

2

0沖洗一次，然後用100%乙醇擦拭一次晾乾備用。

RNA電泳

核糖體

RNA（rRNA）是細胞中丰度最高的RNA型別，也是RNA電泳主要檢測的物件。rRNA有三種類型，以真核生物為例，分別28S，18S和5S，這三種類型的rRNA分別對應了電泳結果中的三條條帶。完整的RNA樣本中的這三條帶應該是明亮的、清晰的、無拖尾的，並且28s RNA的條帶一般會比18s RNA亮（個別物種可能有例外），否則說明RNA樣本已經發生了降解。另外，除了看三條rRNA條帶之外，還需要看有沒有gDNA（一般在28S rRNA上方）和蛋白（一般在膠孔處）的條帶，如果RNA樣本中有蛋白和gDNA的汙染，有可能也會影響到下游的實驗結果。以下是一些典型的電泳結果。

圖

A：提取的RNA完整性較好

圖

B：可以明顯看到28s的條帶明顯弱於18s條帶，RNA已經發生大量降解

圖

C：28s RNA條帶上方和電泳孔處有條帶，說明有蛋白和gDNA汙染

目前

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變性膠VS 非變性膠

變性膠

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