人體腸道微生態的平衡主要由腸道中相對穩定存在的微生物群落形成，腸道微生物種類繁多，數目龐大，和人體有重要相互作用。腸道微生態透過影響腸道黏膜屏障功能、影響物質能量儲存和代謝等多種途徑與人體多個器官系統發生作用。

近年來的研究顯示：

人體發生腸易激綜合徵、炎症性腸病、腹瀉、胃炎、消化性潰瘍、結直腸癌、胃癌等胃腸道疾病時，腸道微生物的種類和數量會發生相應變化。

在健康人體中，消化系統中的肝臟、胰腺等不會與腸道微生物直接接觸，但腸道菌群也會與之相互影響，如肝癌、肝硬化等患者腸道菌群常發生移位或紊亂，急性胰腺炎患者預後不良也常和菌群失調有一定的聯絡。

也有研究提示精神心理疾病、心血管系統疾病、其他器官系統的腫瘤、嬰幼兒的胃腸道疾病等與腸道微生物有相關性，其中的具體作用機制還有待進一步研究證實。

益生菌指足量攝入後對人體有益的活菌製品，通常透過影響腸道菌群的功能發揮作用。

對於健康成年人，補充益生菌可短暫改變腸道特定細菌的種類和數量，改善排便習慣，但其對腸道菌群能否產生持久影響有待證實。

對某些特殊疾病人群或高危人群，補充特定菌株可產生較為明顯的效果，如植物乳桿菌ATCC-202195+低聚果糖被證明可預防印度農村的嬰兒敗血症，羅伊氏乳桿菌DSM17938可改善母乳餵養嬰兒的腸絞痛；

在炎症性腸病、腸易激綜合徵等疾病的治療中，益生菌可起到輔助作用，還有某些菌株可改善腹膜透析患者腸道菌群構成、預防艱難梭菌感染、預防兒童抗生素相關腹瀉等。

益生菌製品中含有活菌或有生物活性的成分，如蛋白質、脂多糖等，對腸道黏膜屏障功能受損、免疫功能低下等人群可能有一定風險。

有個案報道一位長期服用格列齊特等藥物，且每天飲用含乾酪乳桿菌乾酪亞種CNCM I-1518株酸奶的65歲女性發生了嚴重肝膿腫和敗血症，從她的病灶中培養出與酸奶中一致的菌株。

目前有關益生菌使用安全性的報道相對較少，已有的報道樣本量相對較小，不同的菌株在不同的個體中是有益、有害還是無功無過，不易在使用前進行量化評估，因此不推薦盲目補充益生菌。

目前在國內上市的作為藥物使用的益生菌（簡稱“藥用益生菌”）主要為腸道微生態活菌製品。

單菌種製品有雙歧桿菌類（麗珠腸樂）、地衣芽孢桿菌類（整腸生、京常樂）、蠟樣芽孢桿菌類（源首、樂腹康）、酪酸梭狀芽孢桿菌類（米雅、寶樂安、阿泰寧）、枯草芽孢桿菌類等，還有常樂康、美常安、媽咪愛等二聯製品，培菲康、金雙歧等三聯製品，思連康等四聯製品。

腸道微生態活菌製品有膠囊、片劑、散劑、顆粒等多種劑型，對儲存和使用溫度有一定要求，通常不應超過40℃。

藥用益生菌主要作用方式為補充正常生理性細菌，調節腸道菌群平衡，抑制潛在有害細菌的功能。

藥用益生菌通常可用於非特異性感染、抗生素、慢性肝病、化療藥物等多種原因引起的腸道菌群失調和腸道功能紊亂，如急慢性腹瀉、腸炎、腹脹、便秘、功能性消化不良等，以緩解消化道症狀為主，不良反應報告較少，通常包括上腹不適、皮疹、頭暈心慌、超量服用所致便秘等，一般均較輕微，可自行緩解。

因此除對微生態製劑過敏者應慎用以外，無明確的禁忌症。

臨床應用藥用益生菌以緩解症狀為主，具體作用機制研究不多見，是否有明確作用效果尚有爭議。

近期國外權威醫學雜誌報道表明鼠李糖乳桿菌GG株對兒童急性胃腸炎的治療並無明顯益處，此前Cell雜誌的研究表明益生菌擾亂了服用抗生素的健康成人腸道菌群的恢復過程，相反，自體糞菌移植對此恢復過程有利，另一研究表明益生菌在人體腸道中的定植明顯受到個體自身特點的影響。

因此不宜將藥用益生菌當作保健品或簡單的非處方藥隨意服用，特別是處於特殊生理狀況的人群，如兒童、孕婦、哺乳期婦女、老年人等，應在醫師、藥師指導下服用。

另外需要注意藥物之間存在相互作用：

益生菌與抗酸藥、抗菌藥合用可減弱療效，應該分開服用（必須兩種藥物一起使用時可以間隔3小時）；鉍劑、鞣酸、藥用炭、酊劑等能抑制、吸附或殺滅活菌，不建議合用；正在服用抗生素的病人，或剛接受抗生素治療、腸道菌群尚未恢復的病人，不宜同時服用腸道微生態活菌製品，特別是正在治療幽門螺桿菌感染的患者，不可自行補充。健康成人如希望補充益生菌，可食用含活菌的食物，如成品酸奶、正規醃製的泡菜等，需要注意的是，家庭中自行製作此類食物有雜菌汙染風險。

益生菌的作用效果較為複雜，特定菌株的有效作用有待進一步研究證實，益生菌使用的個體化方案研究也還有很長的路要走，部分菌株的使用風險需得到重視。

總之，不應將益生菌的作用過分誇大，也不要全盤否定益生菌的價值。

健康人群一般不需要額外補充益生菌，如果出現需要使用藥用益生菌的疾病，也最好遵醫囑服用。