吉林省有24個國家級自然保護區，分別有軒湖旅遊度假區、吉林龍灣群國家森林公園、長白山風景區、向海國家級自然保護區、莫莫格國家級自然保護區、吉林通化石湖國家森林公園、波羅湖自然保護區、琿春東北虎自然保護區、雁鳴湖自然保護區、集安自然保護區等。

軒湖旅遊度假區：軒湖旅遊度假區位於松原市前郭爾洛斯蒙古族自治縣境內，是國家級水利風景名勝區，全國縣域旅遊品牌百強景區之一。

吉林龍灣群國家森林公園：吉林龍灣群國家森林公園位於吉林省輝南縣境內，長白山系龍崗山脈的西南端，是中國最大的火山口湖群。

長白山風景區：主峰長白山多白色浮石與積雪而得名，素有“千年積雪萬年松，直上人間第一峰”的美譽。景區是擁有“神山、聖水、奇林、仙果”等盛譽的旅遊勝地，也是滿族的發祥地，在清代有“聖地”之譽，皇帝須親自或委派大臣到吉林烏拉（今吉林市）望祭長白山。

向海國家級自然保護區：向海自然保護區位於吉林省西部通榆縣境內，科 爾沁草原中部，西與內蒙古科右中旗接壤，北與洮南市相鄰。地理座標為44°55′－45°09′N，122°05′－122°31′E，面積105467公頃。

莫莫格國家級自然保護區：植被型別大致可劃分為：湖泊植被、沼澤植被、草原植被、固定沙丘植被、人工林植被及農田植被。

吉林通化石湖國家森林公園：吉林通化石湖國家森林公園位於通化縣石湖鎮南部，地處長白山南麓的一老嶺山脈，森林公園總面積2306。31公頃，森林覆被率達到96%。

波羅湖自然保護區：保護區主要保護物件是波羅湖天然溼地生態系統及鶴、鸛類等珍稀瀕危鳥類。保護區內生境型別多樣，草甸、湖泊、沼澤鑲嵌分佈。

琿春東北虎自然保護區：典型地帶性土壤有暗棕壤。成土母質為酸性巖風化物，土壤呈微酸性，廣泛分佈在中、俄邊境的丘陵山地，其中東北部山區主要以暗棕壤為主，還有少量的沼澤土、沖積土等穿插其間，形成東北部山區土壤型別。

雁鳴湖自然保護區：保護區溼地地處張廣才嶺南麓低山丘陵區，地勢北高南低。張廣才嶺餘脈馬鹿嶺、小嶺等由北向南延伸到牡丹江沿岸，其間分佈有森林、溪流、谷地和草甸，構成複雜多樣的地貌型別。

集安自然保護區：集安國家級自然保護區，位於吉林省集安市，是吉林省平均降雨量最多、無霜期最長的地域，是中國東北最具江南特色的地區，素有“塞外小江南、國家生態園”之美譽。