前言

組織切片的病理學檢測

一直是診斷病原以及觀察機體組織病理變化的重要方法。在臨床醫學、疾病動物模型檢驗、藥理毒理學分析等相關科學研究中發揮著重要作用。同時

組織切片

（例如FFPE石蠟切片）透過一系列的製作流程可以實現長期儲存，在一定時間範圍內積累了大量的可回顧性資訊。

另一方面基於質譜的蛋白質組學鑑定隨著軟硬體技術的發展，實現了更加精準的蛋白表達譜鑑定。已經由傳統的常規蛋白質組學進入到了

超微量樣本蛋白質組

的時代。目前微量蛋白質組學驅動的精準醫療透過對臨床樣本的質譜檢測實現發現疾病標誌物，以及藥物靶標的發現和驗證正成為研究的熱點。

上海鹿明生物科技有限公司致力於質譜為核心的蛋白質組學方法開發，

在超微量蛋白質組學方面繼凍存的組織樣本有了新的突破

，

對經過包埋的切片和組織類樣本也實現了穩定的蛋白質組檢測

。為這些珍貴的樣本的回顧性資訊的深度挖掘提供了新的手段。接下來就從實驗方法，鑑定深度兩方面為大家詳細介紹。

方法介紹

首先，對切片樣本進行脫蠟（膠）和水化的處理後，採用

“單管法”提取方式

，採用特定的表面活性劑提高蛋白提取率及酶解效果，方法優勢如下：

1、避免因轉管等操作造成樣本損失；

2、表面活性劑可以增加蛋白提取效率且無需丙酮沉澱等步驟從而最大限度保留蛋白；

3、離子型表面活性劑只需要加入酸即可去除，不影響質譜檢測。

搭載布魯克新一代

4D質譜tims Pro2

進行

DIA檢測

，實現

高精高深的檢測

。實驗流程示意圖見圖1。

圖1 組織切片微量蛋白質組學實驗流程

鑑定深度

總的來說對於7um厚切片面積為20mm的小鼠組織約能提取

5μg

的蛋白。對於一些結締組織含量較高蛋白較難釋放的樣本適當增加樣本量也能達到相應的蛋白提取效果。同一物種等量樣本的條件下冰凍切片的蛋白鑑定數要比石蠟切片的鑑定數略高（參見小鼠腎臟資料）。無論哪種樣本總體蛋白鑑定數均達到了4000+。

石蠟包埋的小鼠各器官組織進行提取並酶解後，在

4D平臺timsTOF Pro

上

200ng

的上樣量，

60分鐘的梯度鑑定蛋白數達到了

4000+

、

肽段數達到了

34000+

（圖2所示）。又對小鼠肝臟樣本做三重複，實驗結果顯示檢測十分穩定。

圖2 石蠟切片儲存的不同小鼠組織蛋白及肽段鑑定深度

圖3 石蠟切片儲存的小鼠肝臟組織蛋白及肽段鑑定深度

同樣的冰凍包埋的小鼠腎臟組織進行重複實驗，進行提取並酶解後，在

4D平臺timsTOF Pro

上200ng的上樣量，

60分鐘的梯度鑑定蛋白數達到了

5000+

、

肽段數達到了

44000+

（圖4所示）。

圖4 冰凍切片儲存的小鼠腎臟樣本蛋白及肽段鑑定深度

技術重複性

4次重複樣本鑑定蛋白種類overlap大於

99

%，定量相關性都達到

0.97以上

，顯示出檢測方法具有極高的穩定性。

圖5 韋恩圖及相關性圖分析

總結

此次

超微量蛋白質組學鑑定方法

，實現了對切片類樣本穩定且高效的鑑定。

對樣本新鮮程度的要求大大降低，能夠對一定時間區域內的樣本進行回顧性資訊的深度挖掘，為病理學檢驗結果提供另一維度的有力驗證。

繼單細胞蛋白質組產品之後，進一步推出的高深度超微量蛋白質組學檢測服務

實現了單細胞蛋白質組-微量蛋白質組-常規蛋白質組的系統解決方案

，提供樣品全數量級別的專業蛋白質組學檢測服務，滿足不同的科研需求。樣本型別覆蓋細胞、組織、穿刺、FFPE、體液等各種型別研究需求。超微量蛋白質組具體送樣參考要求如下：

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